I forti sopravvivono e i deboli crepano

Se ti fidi sarai tradito. Se non stai attento ti uccideranno. Ammazza prima di essere ammazzato.

La qualità innata degli uomini è essere degli shura. L’inferno si trova proprio in questo mondo.

Nome: Makoto Shishio. Ai tempi della Rivoluzione è noto come l'erede di Battosai (infatti si rivolge spesso a Kenshin chiamandolo 'sempai').

Età: imprecisata. E' probabilmente coetaneo di Kenshin Himura (o poco più vecchio di quest'ultimo).

Scuola d'arme: Ware Ryuu.

Storia: Nel corso della Rivoluzione, Makoto Shishio è uno dei samurai del Clan Choshu, sotto la guida di Katsura Kogoro e, quindi, antico commilitone di Kenshin (sebbene i due non abbiano mai avuto modo di incontrarsi). Più precisamente Shishio entra nelle fila degli Imperialisti subentrando all'incarico di sicario ricoperto da Himura, quando questi viene spostato ad un ruolo guerriero più scoperto. Per questo motivo Makoto Shishio viene considerato "l'erede di Battosai", di cui eguaglia l'efficacia sanguinaria. Tuttavia la sua gelida crudeltà, la sua terrificante abilità guerriera e la sua ambiziosa scaltrezza lo rendono inviso ai suoi stessi compagni che, approfittando dei disordini delle ultime battaglie per l'instaurazione del nuovo Governo, tentano di ucciderlo cospargendolo d'olio e dandogli fuoco. Shishio sopravvive, ma riporta ustioni orribili, dolorose ed incurabili su tutto il corpo (che è da quel momento sempre avvolto da bende). Il suo carisma, tuttavia, non viene intaccato da questa terribile esperienza, ma al contrario la sua volontà ne esce rafforzata, secondo la sua prima convinzione di come solo il più forte abbia diritto alla vita. Deciso a rovesciare il Governo Meiji, fonda una propria armata, un suo corpo speciale di guerrieri scelti a lui profondamente devoti (le Dieci Spade) e dà l'avvio al suo piano di conquista. Pone il proprio quartier generale sotto il Monte Hiei e conquista alcune zone limitrofe a Kyoto facendone avamposti militari. Per ufficializzare il suo colpo di stato, progetta la distruzione di Kyoto (come grandioso revival dell'affare Ikedaya del 1864 sventato dagli Shinsengumi), piano che intende realizzare con l'impiego di alcuni dei suoi uomini migliori e l'uso di una nave di guerra corazzata (giocattolino fornitogli dall'organizzazione criminale cinese di cui è ai vertici Enishi Yukishiro). Tale piano viene sventato dalle forze congiunte di Kenshin, Sanosuke e Saito che portano un attacco diretto a Shishio, mentre Kaoru, Yahiko e gli Oniwanbashu di Kyoto proteggono la città, aiutati dall'indispensabile intervento di Hiko Seijuro. Nell'ultimo scontro Shishio dimostra la sua straordinaria superiorità guerriera, ma il suo duello con Kenshin si conclude senza vincitori né vinti: in una sequenza quanto mai suggestiva è Shishio a prendere fuoco (il suo fisico devastato dalle ustioni ulcerate cede alla fatica della battaglia), come se il destino stesso avesse mostrato quale trai due ideali incarnati dai due guerrieri dovesse sopravvivere per il futuro.

Caratteristiche personali: Spietato, scaltro, pianificatore, potente e straordinariamente carismatico nonostante l'aspetto orrendamente sfregiato (o forse proprio per questo), Shishio incarna un concetto fondamentale tipico di ogni guerra: il tradimento. Shishio viene tradito dagli uomini che si sono serviti della sua spada e dai suoi stessi compagni è condannato ad una morte orribile. Tuttavia ciò non spezza il suo animo, ma al contrario lo rinsalda in ciò che è sempre stata la sua prima convinzione: la legge della giungla, la legge del più forte. Il più forte vive, il più debole soccombe.

Lo scontro tra Shishio e Kenshin non ha motivazioni personali, ma piuttosto Shishio è il pretesto che innesca in Kenshin un conflitto interiore tra la risoluzione morale che ha abbracciato come rurouni ed il suo passato di assassino. Il Ministro degli Interni Okubo chiede a Kenshin di impugnare la sua spada per uccidere Shishio: ad undici anni dalla fine della Rivoluzione, Kenshin si vede nuovamente affidato un incarico da sicario, un incarico da Battosai. Il viaggio di Kenshin verso Kyoto assume soprattutto la valenza di una prova morale: Kyoto è la città dov'è nata la sua leggenda di sangue come assassino e adesso il rurouni deve confrontarsi con questo a distanza di anni. La battaglia con Shishio pone anche Kenshin di fronte ai limiti che il suo voto di non uccidere pone alla sua abilità come guerriero. E' per la consapevolezza di doverli superare (di poter cioè sperare di vincere anche senza invertire il filo della sua lama) che Kenshin si reca nuovamente dal suo maestro Hiko Seijuro (rivelando così al lettore l'inaspettata storia della sua infanzia e della sua formazione come spadaccino).

Sebbene Makoto Shishio ed Enishi Yukishiro siano i due grandi antagonisti di "Rurouni Kenshin" si collocano tra loro completamente agli antipodi, cosa eloquentemente rappresentata anche dal loro aspetto: al corpo sfigurato di Shishio si accompagna la mente lucida ed organizzata del conquistatore, mentre Enishi Yukishiro è un uomo bellissimo, ma dalla mente sconvolta. La sofferenza di Shishio è strettamente fisica, Enishi è invece dilaniato da un dolore dell'anima.